Η μετάλλαξη στο γονίδιο CDKL5 που υπάρχει στο χρωμόσωμα Xp22. Το σύνδρομο αυτό φαίνεται να προκαλεί άτυπη μορφή συνδρόμου Rett. Ένα παιδί διαγιγνώσκεται με το σύνδρομο CDKL5 όταν δεν πληρεί όλα τα κριτήρια του τυπικού συνδρόμου Rett. Ουσιαστικά το σύνδρομο αυτό χαρακτηρίζεται ως επιληπτική εγκεφαλοπάθεια και το γονίδιο του CDKL5 είναι υπεύθυνο για την παραγωγή απαραίτητων πρωτεϊνών για την ανάπτυξη του εγκεφάλου και των νευρώνων. Η λειτουργία της πρωτεΐνης εξαρτάται από την δομή της, που αυτή η δομή εξαρτάται με την σειρά της από την σωστή αλληλουχία αμινοξέων. Αν και υπάρχει μόνο ένα γονίδιο CDKL5 στο Χ χρωμόσωμα υπάρχουν 5 τουλάχιστον διαφορετικές μορφές πρωτεΐνης που μπορεί να προκύψουν. Η συχνότητα εμφάνισης του συνδρόμου είναι 1/45000 με 75000 παιδιά και επηρεάζει συνήθως κορίτσια. Η φαρμακευτική αγωγή είναι πολλές φορές απαραίτητη στα παιδιά που πάσχουν από το αυτό το σύνδρομο μιας και παρουσιάζουν προβλήματα με το αναπνευστικό και το γαστρεντερικό τους σύστημα, έχουν διαταραχές ύπνου και εμφανίζουν και επιληπτικές κρίσεις. Οι επιληπτικές κρίσεις εμφανίζονται μέσα στο πρώτο χρόνο ζωής του παιδιού και αλλάζουν τύπο με την πάροδο του χρόνου. Δυστυχώς, αρκετές κρίσεις του συνδρόμου CDKL5 είναι φάρμακο ανθεκτικές. Τα παιδιά που πάσχουν, εμφανίζουν νοητική υστέρηση και σοβαρές διαταραχές στην ομιλία (από μερική ως ολική απώλεια ομιλίας). Επίσης, εμφανίζουν πρόβλημα στην αδρή κίνηση και τη βάδιση που αργεί να κατακτηθεί και στις μισές περιπτώσεις παιδιών που πάσχουν δεν κατακτιέται ποτέ η βάδιση ως ανεξάρτητος τρόπος μετακίνησης. Πέρα από την αδρή κίνηση όμως, επηρεάζεται και η λεπτή κίνηση και κυρίως η λαβή της σύλληψης. Επίσης, τα περισσότερα παιδιά εμφανίζουν προβλήματα στην όραση. Όπως παρατηρούμε, λοιπόν, η φυσικοθεραπευτική παρέμβαση έχει πολύ μεγάλη σημασία μιας και πρέπει να κατακτήσουν όσο μπορούν/ αν μπορούν έναν ανεξάρτητο τρόπο μετακίνησης (στοχεύουμε στην επίτευξη της βάδισης). Μέσω της φυσικοθεραπείας θα μπορούν να κατακτηθούν καινούργια κινητικά ορόσημα αλλά και να διατηρηθούν τα ήδη υπάρχοντα. Η φυσικοθεραπεία είναι πολύ σημαντική γιατί βελτιώνει την ισορροπία, τον οπτικοκινητικό συντονισμό και προλαμβάνει τις μυοσκελετικές διαταραχές. Τέλος, ο φυσικοθεραπευτής μπορεί να βοηθήσει τις αναπνευστικές δυσκολίες που εμφανίζουν τα παιδιά που πάσχουν από το σύνδρομο ώστε να καταφέρουν να έχουν μια καλύτερη ποιότητα ζωής.
